Os Municípios Pilotos da Estratégia e-SUS APS, é uma iniciativa que remonta a própria história do Prontuário Eletrônico do Cidadão (PEC) e tem por objetivo contribuir na maximização da qualidade dos produtos de software que são disponibilizados no Portal da APS e de forma controlada, realizar dois tipos principais de teste de software: o Teste Alfa e o Teste de Homologação. Cada qual com sua respectiva importância, auxiliam no processo de identificação da aderência da solução desenvolvida, diante da realidade dos municípios Brasil a fora, além de contribuirem no processo de identificação de erros, gargalos e oportunidades de melhoria, antes mesmo do sistema ser efetivamente disponiblizado a nível nacional.
Conforme indicação do CONASS e CONASEMS, 13 municípios compõem o rol de Municípios Pilotos da Estratégia e-SUS APS:
Brasília - DF
Arujá - SP
Doutor Severiano - RN
Juzeiro do Norte - CE
Londrina - PR
Manaus - AM
Medina - MG
Assis - SP
Mucajaí - RR
Otacílio Costa - SC
Pelotas - RS
Teresina - PI
Vila Velha - ES
Biguaçú - SC
Recife - PE
Mato Grosso - MT
Espírito Santo - ES
Os Municípios Pilotos da Estraégia e-SUS APS, recebem suporte exclusivo do Laboratório Bridge e da Secretarária de Atenção Primária à Saúde (SAPS) e são assistidos por representantes do Conselho Nacional de Secretarias Municipais de Saúde (CONASEMS) e integram grupos exclusivos de comunicação via WhatsApp, para celeridade dos diálogos e compartilhamento de informações úteis à Estratégia.